mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTTCATCTGCTTGTGG ATTAGGAGCTGAAGCTGCCAG GTGCAACCATTAGGAGCTGAAGCTGCCAGCATGATCTGATGAGTGCTTATTAGGTGAGGGCAGAATTGACTGCCAAAACAAAGATCAGATCATGCTGTGCAGTTTCATCTGCTTGTGGCTGCAC 4 0 3' arm Oryza_sativa pmrd MIR167_1 1e-59 osa-MIR167d 7e-58 -64.3 (((((.((((.((.((.(((((((((((((((((((((((....(((.....)))...(((((......))))).........)))))))))))))).))))))))).)).)).)))).))))) (-64.30)