mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGTCCTTGAATGTTAGGAGA TCTTATATTTGAGGATGAGT GCAAGCTCTTATATTTGAGGATGAGTGCTATTCTAAACATTCTTTAAGACATTCGTCCTTGAATGTTAGGAGAGTGTCTCTC GCAAGCTCTTATATTTGAGGATGAGTGCTATTCTAAACATTCTTTAAGACATTCGTCCTTGAATGTTAGGAGAGTGTCTCTCATTATTTAAGCATGTCATCTCCTTAGGATATGAATATGGGGACAATGGTCCATGGTGTCTGCCATGGTCTCTAACTCCATTTTGTTTTTCCTAGGTGTGTAGATGGTCAGACTTTTCTTCGTTATCATTACTTAGGAAAAATTTGTATGTGTGACTTTAAAATAAAATAAAATTGTTTAGTAGATTTTACTCTAACCTTTTCATTGTTTTTTAATCTATCCCCTACGATTTTGAAATCTAAATCTAATTTGTTGAATGCACACCTCTGAACCGTTTGGTTGCCTTCTGACCACGCATCGAGAATTGATTGTCGGGTCTAACTATATTGTCATGATTTAGCAATCTCTGGGTGTTTCATGGGGTATACCAAAATCGTTGGTGGTGTTTAGGTCCATTGTGCAATGGTTTAATCAAAGGAATACCTTCATTGATAGCATCCCAGTTATTATTAGAACTCTGGGATCTGCTAGGGTGTCCTTCTCCTTGTTTTCTCT 1 1 3' arm Cycas_rumphii mirnest 100 100 -25 (((..((((((((((((((((((((((((.................)).)))))))))))))))).))))))..)))..... (-25)