mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC AATGTTGTCTGGCTCGACT CAATGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTCGATCCACAGACTTTTGGTTGGAGGGTGCTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTTG GGTTTTACCGAAAAACGAATGGTCGAACGCAAGGAATGCAATGGGATGGAAGATTAGCAGGAAGATCTCAATGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTCGATCCACAGACTTTTGGTTGGAGGGTGCTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTTGAACTTCCCTCCGGGACGAATCTCATCTCCCCATGCTTCGTATAATTCGTCGAGTTCTGGTTCAGGGGCCCGAGGGATTTGGTTGATTGTTTTGGAGGGTTCCGTGTTTGTGAAATCGCCCTGTAGCAAGAGGTCGATCGTCCATGGCGATCCCTTGCCAACCCAAAGGCTCTGCGCAAGCGTGTTCTGGTCGATCTGTGCGCCCGTTTTCCTTTATTTTTCAGGGTAGCTCCTCTCCATGGCTTTCTTCGGCATATGACGTGGAGATGCGTGCTTCCGGTCACATGAGCTTTGCTCAGATATTAAAACACCTATTTTGATGAACCGTCCTTCCTGCAATTGAAGGTTTACGGGGTCGATCGTTTGGCCATGGCCGGATTTTTATCGTTCGTTCAGTCGTTTCCGCCCGGGGTGGGTCATGTGATGCATATGTATCCATCTCACATCATTGCAGGGTGCACCTGCTCTACTCTACTTTTTGCAGGCTGGATTTCCCGTCTGTCGACTGAATTAATCCGGCCCTCTATC 3 0 3' arm Cycas_rumphii mirnest mir-166 8.0E-8 vvi-MIR166e 1.0E-9 -38 ....((((.((((((((..((((((.(((((.((.((((...(((...)))))))...))..))))).))))))..)))))))).))))... (-38)