mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC AATGTTGTCTGGCTCGACT CAATGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTCGATCCACAGACTTTTGGTTGGAGGGTGCTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTTG GGTTTTACCGAAAAACGAATGGTCGAACGCAAGGAATGCAATGGGATGGAAGATTAGCAGGAAGATCTCAATGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTCGATCCACAGACTTTTGGTTGGAGGGTGCTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTTGAACTTCCCTCCGGGACGAATCTCATCTCCCCATGCTTCGTATAATTCGTCGAGTTCTGGTTCAGGGGCCCGAGGGATTTGGTTGATTGTTTTGGAGGGTTCCGTGTTTGTGAAATCGCCCTGTAGCAAGAGGTCGATCGTCCATGGCGATCCCTTGCCAACCCAAAGGCTCTGCGCAAGCGTGTTCTGGTCGATCTGTGCGCCCGTTTTCCTTTATTTTTCAGGGTAGCTCCTCTCCATGGCTTTCTTCGGCATATGACGTGGAGATGCGTGCTTCCGGTCACATGAGCTTTGCTCAGATATTAAAACACCTATTTTGATGAACCGTCCTTCCTGCAATTGAAGGTTTACGGGGTCGATCGTTTGGCCATGGCCGGATTTTTATCGTTCGTTCAGTCGTTTCCGCCCGGGGTGGGTCATGTGATGCATATGTATCCATCTCACATCATTGCAGGGTGCACCTGCTCTACTCTACTTTTTGCAGGCTGGATTTCCCGTCTGTCGACTGAATTAATCCGGCCCTCTATC 3 0 3' arm Cycas_rumphii mirnest mir-166 0.00000008 vvi-MIR166e 0.000000001 -38 ....((((.((((((((..((((((.(((((.((.((((...(((...)))))))...))..))))).))))))..)))))))).))))... (-38)