mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTCCCGGTTGGTAACACCAACCGAGA CCGGTTGGTGTTATCAACCGGGACTAA TCTTTAGTCCCGGTTGGTGTTATCAACCGGGACTAAAGATATCGGGGGGCCTGACAAGGCCTGACAGATTTAGAACCGGGACTAAAGATCATTTTTAGTCCCGGTTGGTAACACCAACCGAGACTAAAGA 1 0 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -79.3 (((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((...(..((((((....))))))..)...(((((........)))))....)))))))))))))))))))))))))))))).))))))))) (-79.30)