mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGTCGAACGGAGGCAGTTCGA GAACTGCCCCAGTTCGACAGGTA TTTAGCACCCTGTCGAACGGAGGCAGTTCGAAAGGGTACCTGTCGAACTGCCCCAGTTCGAAAGGGTACCTGTCGAACTGCCCCAGTTCGACAGGTAATAAA 0 2 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR439 2e-42 osa-MIR439i 0.000001 -62.4 ........((((((((((((.((((((((((..((((((((.((((((((...))))))))..)))))))).)))))))))))).))))))))))....... (-62.40)