mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCTGTGACGGGCCACAACT TTGTGGCCCATCACTTATAGGTGTC GATGGTCATCTGTGACGGGCCACAACTTTAGGCCCATTTGAGATATGGAATGTTATCTTAATCGGGCCTAAAGTTGTGGCCCATCACTTATAGGTGTCATC 1 4 5' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -62.1 (((((.(((((((((.(((((((((((((((((((..((((((((........))))))))..))))))))))))))))))).))))....)))))))))) (-62.10)