mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCGAACTGCGGTAGTTCGACAGGT CCTATCGAACAACCGTGGTTCGATACG TTTAGCACCCTATCGAACAACCGTGGTTCGATACGGTACCTATCGAACAACCATAGTTCGATAGGGTACTTGTCGAACTGCGGTAGTTCGACAGGTGATTAAA 5 1 3' arm Oryza_sativa pmrd MIR439 2e-33 osa-MIR439i 1e-18 -55.3 .((((((((...((((((.((((..((((((((.((((((((((((((.......)))))))).))))))))))))))..)))).))))))..)))).)))). (-55.30)