mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCGAACTGCGTCAGTTCGACAGG TGTCGAACAACCGCGGTTCGACAGG ACCCTGTCGAACAACCGCGGTTCGACAGGGATATCTATCGAACAACCACAGTTCGACAGGTACATGTCGAACTGCGTCAGTTCGACAGGGT 3 0 3' arm Oryza_sativa pmrd MIR439 2e-45 osa-MIR439i 3e-44 -54.6 ((((((((((((...((((((((((((..(.(((((.((((((.......)))))).)))))).))))))))))))...)))))))))))) (-54.60)