mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTAGCTCAGTTGGTAGAATG CGCTGCCACTGAGCTATGCT ACCCAGCATGCACGCTGCCACTGAGCTATGCTTCCAGCTCTAGGATATCTTAGAATTNTTTAGTATGAGTAAGAATTCATAAGATTTTTTTTCCTTAGTAGTAAAAAGTTTCACACTGTGCTGNGGATGTAGCTCAGTTGGTAGAATGCTTGCATAG GGATTGTCATGGTTGAAGATACCCATTTCCACAGAGCTGTCCTCTGACTTCCACACCTGTGACATGTGGGTGTTCTCTCCTCTAGGTATTCAAAGGAAATAAATGCCAAAAAAAAAAAATTCAGGCTGAAAATTAATTACCTACAATTTACTTATTAGACATATTACATGTGAGCTGTGGCATGCACTTGGAGGTCAGGAGACAACCTTGTGGCATGGATCTTGTCTACCTTCATATAGGTTCTGAGGGTTGAATTGAAGCTGCCGTGCTGGCGTTATCTATCAGACAGGTGCCTTCACCTGCTGGACCATTTTGTTGGCCCAAATTTACTTACTGGTTCTGAGGTCCAATATAGAGCCTTGGGAATACCCAGCATGCACGCTGCCACTGAGCTATGCTTCCAGCTCTAGGATATCTTAGAATTNTTTAGTATGAGTAAGAATTCATAAGATTTTTTTTCCTTAGTAGTAAAAAGTTTCACACTGTGCTGNGGATGTAGCTCAGTTGGTAGAATGCTTGCATAGCACACAGAGGCTCTAGGTTCTATACTGTATAAGCCCGACTTGACACAATACCAATACTTGGGAAATGGAGCCAGGAGGATCAGATGCTCAAGGCTGTAGTTAGCTATATATGAGTTC 2 1 3' arm Mus_musculus mirnest tRNA 0.00000004 100 -47.2 .....(((.(((..((((((((((((((((((..((((...((((.(((((((((((..(((.......))).))))).))))))......))))((((.((.((....)).)))))).)))).)).)))))))))).))))))..))).))).... (-47.2)