mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTAGGCCCGATTGAGATGAG CATCTGTGACGGGCTTTAGCT AGATGAGATCATCTGTGACGGGCTTTAGCTTAGGCCCGATTGAGGTCAGCAGTCATCTGTGACGGGCTCTAGTTTAGGTCTGATTGAGGTCATCAGTCATCTTTGACGGGCTATAGTTTAGGCCCGATTGAGATGAGAATCATCT 6 0 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -58.7 ((((((..((((((....(((((((.((((..((((((.(..(((..(((.((((....))))..)))............(((((((.....))))))).)))..)))))))..)))).)))))))....))))))...)))))) (-58.70)