mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTCAGTCCCAAAA TTGGGACAGAGGGAGTAGGT GGGGACGTACTCCCTCAGTCCCAAAATAATGGAATGTGGCCCATCCTAAAATGACGAATCTGGACAAAGGCTTGTCAAGATTCGTTCTCCTCGGATAGATCACAGGTTAAGTTATTTTGGGACAGAGGGAGTAGGTAGTCCCT 2 0 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR1122 0.000008 osa-MIR1862d 0.00003 -72.4 ((((((.(((((((((.(((((((((((((....((((..(.((((......(((((((((.(((((....))))).)))))))))......)))).)..))))......))))))))))))).)))))))))....)))))) (-72.40)