mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGTGGGCCGTGAAAGGTAGCC CTGCCTTTGATAGTCCACTGCC GATATATTGTGTACTGTGGGGCAGTGGGCCGTGAAAGGTAGCCTGGTGGTCCCCTTTGAGCTAAGGCTGCCTTTGATAGTCCACTGCCCCACGGTGCATGCATTGG GAGAAAACAAAACTTGAGAAAGAGAAAACTTGCCTCTGTCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGGGCCACCACCGTCCAGCAATCTTACTTGACAGAGTAGAACTTTTAAAGGGTTCGTTTGGCTTTCTTTCTTATTTCTGTCTTCTGGTTGAGCTTTACACGCCTTTGGGGTATATAGGTCAGTCACATGTTGGAGACTGTTCAAGGTGCAACCTTTTTAGGACGTACCTCGAAGTTGTCATGAAGTGTTGGGTTACGTTGAGGGATCTTGTACCTAGATCCCTCTTTGCTGCTTCAATGATGAGTGTACCTTGATATATTGTGTACTGTGGGGCAGTGGGCCGTGAAAGGTAGCCTGGTGGTCCCCTTTGAGCTAAGGCTGCCTTTGATAGTCCACTGCCCCACGGTGCATGCATTGGTGTTTTTCGGTAGGTCTCCCTGTCCTGGAGTTTCTGTTGTGGCTATAGGATGGATGCCAAGCAGTGGGTCTTGAGCCCCATGCCCCTTTCTACTTTCTAGCCATTCCCACTTGGATCCCAGTCATTGGGTTGGGATGTTTATGTCTTTTAGTCTTTAAAAATGCTTGTCATTGTGGTGTAGTAGTGTATATGTCTAATG 2 0 5' arm Mus_musculus mirnest 100 mmu-mir-3061 3e-44 -57.9 ........(((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((............))).))))))))))).)).)))))))))))))))))))))....... (-57.9)