mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGGGATAATCGATTATCC TGGATAGATTATCCCCGTGCG TCCGGGCGGTTGGATAGATTATCCCCGTGCGGTCGCCCGGCCCGCCTGCAGCTCATCGTCTGGGAAAATCTTTATTTTCGCGTGCGGGCGTGCCGACCGCACGGGATAATCGATTATCCCGTGCGGA 4 1 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -67.4 ((((.((((...(((.(((((((((.((((((((....(((.((((((((..........((.((((((....)))))).)))))))))).)))))))))))))))))))).)))...)))).)))) (-67.40)