mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATCTTTAGTCCCGGTTGGT CAACCGGGACTAAAGATCCCG CCCCGAGATCTTTAGTCCCGGTTGGTACCAACCGGGACTAAAGTTACGAAGGTTAGTAACACCAACCGGGACTAAAGATCCCGGGG 1 0 5' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -53.5 (((((.((((((((((((((((((((((.((((..(((....))).....)))).))...)))))))))))))))))))).))))) (-53.50)