mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGTTTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAATCA TATGTGAGAATAAGGAGATTGTAGAGCTCCTTGAAGTCCAATCAAGGCTTGCGCAAGGTCGGTTCAGCTGCTGATTTATGCATTCCGCTGCCCTGATCGCGTCCTCGGATTCCAGAGTTGCATGGCAGGGCTAGCGGTGTGCATGACGCAGGAGCTGTATTGACCGTGTGCTTCCCTTTTTTGGTTTGAAGGGAGCTCTACAGGAGTCTTTTATTCGTTT GATCAGTTATAGCGACCTTGGGGATATGATCGGCTGCACCGTGGCGGTTCCATCATTCTTCCTCCTCGAGGCCGAGGTACGTATTACAAACACGGTTGTATGATGCAGGATTATATGTGAGAATAAGGAGATTGTAGAGCTCCTTGAAGTCCAATCAAGGCTTGCGCAAGGTCGGTTCAGCTGCTGATTTATGCATTCCGCTGCCCTGATCGCGTCCTCGGATTCCAGAGTTGCATGGCAGGGCTAGCGGTGTGCATGACGCAGGAGCTGTATTGACCGTGTGCTTCCCTTTTTTGGTTTGAAGGGAGCTCTACAGGAGTCTTTTATTCGTTTGCATTGCTAACTGTGGGGAATACCAGTCTCGGTAGGTTTTGCTGTTTAGTTTGAACGTTTTCGGCACGCTTTGTTTCATGTCGGATTCCCTCGAAGTGCCATACGGTTGCAGGATCGGATTATATGATGGCATCTATGAGTGCTGTGCTTTTCAAGGCTTTTTGGCCGGTATTTGTTTGTCTGTGCAGACCATGACTCATAATATCCCTTGAAAATTCTAATTATGTATTAACGTATTGATTCGCTTCATGAAAAGAATAGAAATCGAAAGGCAATTCCGAGGTTTAACGAATGCTGATGTTTTGCCGTGTTTTACTTAAATTTTAAATGCGGATCGTAATAATTAATATTGAACCCCTTTG 4 0 3' arm Cycas_rumphii mirnest MIR159 0.0002 csi-MIR159 0.0002 -97.2 .......(((((((((..((((((((((((((..((.((((..((((...(((((.(((((((.(((((.(((..((((((((.(((((((((((...(((..(((........))).)))....)))))).))))).))))))))..))).))))).))))))).)))))...))))..)))).))..))))))))))))))...)).))))))).... (-97.2)