mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGGCCTGACCAGTCTCAAGAC CATGGGTCTGGTTGGGCCCGCA GCCGAGAGTGCTTGCGGGCCATGGGTCTGGTTGGGCCCGCAGACTCGGAGTGCGGGCCTGACCAGTCTCAAGACCTGCGTGGTAACTCTG GGGGGACAAGTGAGCAGGTAGGCCTCGGTGCGGGCTGTGTGCGAGCGGGGCCGGGCTGGGCCGGGCTGGGCGCAGTTGGGGAGGTCGCGGTCACATGGCCGAGAGTGCTTGCGGGCCATGGGTCTGGTTGGGCCCGCAGACTCGGAGTGCGGGCCTGACCAGTCTCAAGACCTGCGTGGTAACTCTGCAGGGACGGCCTCAGGATGCAGAACGACGCCGGCGAGTTTGTGGACCTGTACGTGCCGCGGAAATGCTCCGCAAGCAACCGCATCATTGCTGCCAAGGACCACGCGTCCATCCAGATGAACGTGGCCGAGGTTGATAGGACCACAGGCCGGTTTAATGGCCAGTTTAAAACCTATGGCATCTGCGGGGCCATTCGCAGGATGGGCGAGTCAGATGATTCTATTCTCCGATTGGCTAAGGCTGATGGAATTGTCTCAAAGAACTTTTGAGCAGAAGAAATCGGGAATTTGTTACAAATAAAAGTTTTAAGTACCTGTGAAAAAAAAAAAG 4 0 3' arm Mus_musculus mirnest 100 mmu-mir-3091 1e-37 -45.6 ....((((((((.(((((...((((.(((((((((((((((.........))))))))))))))).))))...)))))..))).))))). (-45.6)