mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCACCATTTGAAATCAGT TGGTTTCACATGGTGGCTTAGA AGATCCTCTTCTTCTGGAAGCTGGTTTCACATGGTGGCTTAGATTTTTCCATCTTTGTATCTAGCACCATTTGAAATCAGTGTTTTAGGAGTAAGAATT GGGGATAGAGAGCAGGAAGGAACATACTCTTTTTGAATAATACTTGTGGAAGAGTTGTCCTGGCACAGGTGACTTACTTGGGTTCAGTTGTTAACACCTCATAGGTCATTGTCATTGTCTTGAACAAGTGACATATCTACCGACACTATGCATCTTGGGAAATTACATAAATTCAAGACATTACAAATGTACATATGTTGAATGGATTTGGTTCTTTTATTTCATTGTGTATGATGATTTCTAATGACTAATGTGAAGTCACACAGGAAACAAGCTTTGCATTGTTTTTGTCTGCTCAAAGTGTTGGCTGTATGGCTGTCATCTGCGTCTGACAGGCAAAATGATTCTCAGGGCTGAGGCTGGTTCTTCTGACTGCCACATCTCTGCTTTCTTCAGTGAGATCCTCTTCTTCTGGAAGCTGGTTTCACATGGTGGCTTAGATTTTTCCATCTTTGTATCTAGCACCATTTGAAATCAGTGTTTTAGGAGTAAGAATTGCAGCACAGCAGAGGGTAGACTACAGAGGAACAGCTGTACACAGAACTGGCTCTCTCCTTCGAGAAATCAAGGGAAGACTTGAATAGTGACATTTGCTCTTGAGTCTGTTTGGTTTAGAGGCAGTGATAGTGAGAAAGTTTTTGTGTTTAGAATGTATTAAGGTATAATCCAGAGCAGGGAGTGGTCTACTTTTATCAGCATTCCATGGGTTGGAAAAGGGTTCCTTGGGGCCTGCACCGTTCATTAATTGGA 1 2 3' arm Mus_musculus mirnest mir-29 7e-27 eca-mir-29b-2 1e-40 -30.7 ......(((((((((((((((((((((((.((((((..((((((..............)))))))))))).)))))))))).))))))))).))))... (-30.7)