mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGCATGTGTATGTGTGC GTGCATGCAAGTACATACA GTGAGTTCAAATAAATTTGTGTGCACATGTGCTTGCTTGTGTGTGTGCATGTGTATGTGTGCGTGCATGTGTGTTCATGTGTGCATGCAAGTACATACATGGGAAAATTCAGTGTACAAAAAGTTTAAGTTACCTCT AAAGTCAGTGACAAAAGTCAGTGATTTAGGCAGTCTCACAGGTAAAATTCTTGTTTTGTACTTAGGGAGTAACATACAATTATTAGAGTTTATAGAAATCTTAAGTTTCTTATGACCTAACATAGATTCTGTGTTGTGTTGAAATACCTTCTAGGACTTAGTGATGATCTGCAATCCTTCCAAAAGGATTAAAGTCTTTAAGTTGGAGATTTTGGAAAAAGACACTGTGTGAGTTCAAATAAATTTGTGTGCACATGTGCTTGCTTGTGTGTGTGCATGTGTATGTGTGCGTGCATGTGTGTTCATGTGTGCATGCAAGTACATACATGGGAAAATTCAGTGTACAAAAAGTTTAAGTTACCTCTAAGATATTTGTTTATATATTCATAATGTCTAGCAGGTTTCTTCTACATTTTACTAGTATCCTTTCACTCATTCAAGTTATATGTATTGTTTAACTGTGATTTTTCCTAAAATTCTACTAGGTTTTGGAACTATATAAGTAGATGCCGTACAGCTGCTATCATCAACATTTCCAAATAACTCAACAAATGTTCCTGGTATGAGATGTAAGTATGGTGATTCCGACATGACTC 1 2 5' arm Mus_musculus mirnest 100 100 -40.1 ..(((......(((((((.(((((((.((......(((((((((((((...((((((((((((((.((....)).)))))))))))))).)))))))))))))......)))))))))..)))))))......))). (-40.1)