mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCCTCTTAAGTAGCCGTAT GCGGACTTGTTAAGAGGTCCG TTTTCGCATGCGGACTTGTTAAGAGGTCCGCTTGTGAAAATTGATTAGAGCACGCGGGCCTCTTAAGTAGCCGTATGCGAAAA 2 1 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -45.94 .((((((((((((.((..(((((((((((((.(((..............))).)))))))))))))..)))))))))))))). (-45.94)