mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGACATGTGGGCCCGAGTGGT CACCCGGGCCCACATGTCAGCCT ATTCCCAAATGCCACCCGGGCCCACATGTCAGCCTCACTCTCCATTCAAACAAAAGTGATGCGGGACCCGATAATGAGTAAGGCTGACATGTGGGCCCGAGTGGTATTTGAGAAT 1 0 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 osa-MIR1440 2e-27 -68.6 ((((.((((((((((.(((((((((((((((((((.((((..((((........))))...(((...))).....)))).))))))))))))))))))).)))))))))).)))) (-68.60)