mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACCCGGGCCCACATGTCAGCCTCAC AAGGCTGACATGTGGGCCCGAGTGG CAAATGCCACCCGGGCCCACATGTCAGCCTCACTCTCCATTCAAACAAAAGTGATGCGGGACCCGATAATGAGTAAGGCTGACATGTGGGCCCGAGTGGTATTTG 2 0 5' arm Oryza_sativa pmrd 100 osa-MIR1440 3e-26 -65 ((((((((((.(((((((((((((((((((.((((..((((........))))...(((...))).....)))).))))))))))))))))))).)))))))))) (-65.00)