mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCACTTAAGCAGCCGTATG TACGGCCACTTAAGTGGCCC TTTTCCCATACGGCCACTTAAGTGGCCCGTATGGGAAAATCCTCTTAAGAGGTCCGCATGCAAAAATAAGGTCATTTTTTTGCATGCGGCTCACTTAAGCGCCCGCATGGAAAAATCGATTTTTCCATACGAGCCACTTAAGCAGCCGTATGCGAAAA 2 0 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 osa-MIR1880 0.0001 -81.1 .((((.((((((((..((((((((((.((((((((((((((..((((((.(..(((((((((((((..........)))))))))))))..).))))))...((....)).......)))))))))))))).))))))))))..)))))))).)))). (-81.10)