mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGTTGGTAGTACCAACCGG GGTTGATACTACCAACTGGT ATCTTTACTCCCGGTTGATACTACCAACTGGTACAATTTTGACTCGGTTGGTAGTACCAACCGGAAGTAAAGAT 1 0 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -42.7 (((((((((.(((((((.((((((((((((((.((....)))).)))))))))))).))))))).))))))))) (-42.70)