mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACCTCTTAGCATGGCTGCTAGC TGGCGGACACTTAAGAGGTTC TGATTTTTGCTGGCGGACACTTAAGAGGTTCGCCTCAAGAAAATAGAGTTATTTTTTATGGCTGACCTCTTAGCATGGCTGCTAGCGAAAATCG 2 1 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -44.8 .(((((((((((((((.((.((((((((((.(((...((((((((....))))))))..))).))))))))))..)).))))))))))))))). (-44.80)