mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACCAACCGGGACTAAAGATC TCTTTAGTCCCGGTTGAAAA CTAAAAATGATCTTTAGTCCCGGTTGAAAACCCAAGAGGCATTCTATGATTTTTAGTCCCAGTTGGTTCTTTAGTCTCGGTTCATCCCCTGTCAGATTGATGTCAGGGGGCCGAGGATCTTTAGTCTCGGTTGGTGTTACCAACCGGGACTAAAGATCACCACTTTAG 2 0 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -73.2 (((((..(((((((((((((((((((..((((((.(((((..............((..((....))..))....(((((((....((((((.((......)).))))))))))))).......)))))...))).)))..)))))))))))))))))))....))))) (-73.20)