mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTGCGGAAATGCTTCTGC GGAAACATTTCTGCACAAAA TATTATTAAACAAGGAAACATTTCTGCACAAAATAGATGTTGTTGCCAGTGTGCGGAAATGCTTCTGCTACATTTGTA AGTTTAAGTCCGCGCAAACCAGATCTAGTTCACCATTCTCTATTCCAAAGAACATTCTATTATTAAACAAGGAAACATTTCTGCACAAAATAGATGTTGTTGCCAGTGTGCGGAAATGCTTCTGCTACATTTGTAGGGTTTCCCTGCATTCTTTGGATCCTGCATTAGCAAGTGAAGGTAGCACATAGTCTAAAATAGTTTTCTGTGTTTATTGGTGTAAATTTCAATTTTACAGTTGAAATTTTATGTTTGTGATGCTTGGATATTTTCCTTGAAATGTATAAACATGTAAAAATTAGATTACTCCCTGTAATAAAATAATTCGATGACTATCTGT 4 0 3' arm Mus_musculus mirnest mir-147 0.0000000000003 mmu-mir-147 2e-26 -23.8 .............((((.((((((((((((.((((.....)))).....)))))))))))).))))..(((....))) (-23.8)