mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTGCGGAAATGCTTCTGC GGAAACATTTTTGCACAAAC TTGATTTTAGTGGAAACATTTTTGCACAAACTAGATGTTGATGCCAGTGTGCGGAAATGCTTCTGCTACATTTG CAGAACATTTTTTGATTTTAGTGGAAACATTTTTGCACAAACTAGATGTTGATGCCAGTGTGCGGAAATGCTTCTGCTACATTTGTAGGGTTTGCCTGCATTTTTTGGATCCTGCATTAGCAAGTGAAGGTAGCACATAGTTTAAAATAGTTTTTTGTGTTTATTGGTGTAAATTTCAATTTTACAGTTGAAATTTTATGTTTGTGATGCTTGGATATTTTCCTTGAAATGTATAAACATGTAAAAATTAGATTACTGCCTGTAATAAAATAATTCGATGACTATCTGT 2 0 3' arm Mus_musculus mirnest mir-147 4e-18 mmu-mir-147 4e-30 -22.1 .......((((((((.((((((((((((...................)))))))))))).))))))))...... (-22.1)