mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGCGCGCGGAAAATGAGAGAGGTG CCTCTCTCGTTTTCCACGCGCACGC TGAAAAGTGTGCGCGCGGAAAATGAGAGAGGTGGATTGCAGTGCCGAACTGCCCCTTTTCCCAACCCTTCTCCACCTCTCTCGTTTTCCACGCGCACGCTTTTTA 1 0 5' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -63.45 (((((((((((((((.(((((((((((((((((((..(((((.....)))))..................))))))))))))))))))).))))))))))))))) (-63.45)