mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGGTTGGTAGTACCAACCGTGA CCGGTTGTTAGTACCAACCGGGAC ATTTTAGTCCCGGTTGTTAGTACCAACCGGGACTAAAGATCATCTTTATCTTTAGTCCCGGTTGGTAGTACCAACCGTGACTAAAGT 3 0 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -56.1 (((((((((.((((((.((.((((((((((((((((((((.......)))))))))))))))))))).)).)))))).))))))))) (-56.10)