mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTGCGGAAATGCTTCTGC GGAAACATTTCTGCACCAAC CAAGAACACTCTATGAATCTAGTGGAAACATTTCTGCACCAACTAGATGTTGATGCCCGTGTGCGGAAATGCTTCTGCTACATTTGTAGGGTTTGCCT GGAAAGAAACCCCGAGCCTTGGGAAATGGTTGATCCTACTCAACCCCCAAAGCTTATNACCATCNACCCGCCATGGAAGCCCGTTGAGGAGCTGCCAAAAGTCCCGAGGGCCACCAGATGATTGCTCACCACTCCTCTCTTCCCAAGAACACTCTATGAATCTAGTGGAAACATTTCTGCACCAACTAGATGTTGATGCCCGTGTGCGGAAATGCTTCTGCTACATTTGTAGGGTTTGCCTGCATTCTTTGGATCCTGCATTAGCAAGTGAAGGTAGCACATAGTCTAAAATAGTTTTCTGTGTTTATTGGTGTAAATTTCCATTTTACAGTTGAAATTTTATGTTTGTGATGCTTGGATATTTTCCTTGAAATGTATAAACATGTAAAAATTAGATTACTGCCTGTAATAAAATAATTCGATGACTATCTG 3 0 3' arm Mus_musculus mirnest mir-147 6e-18 mmu-mir-147 1e-34 -34.8 .......(((((((((((.((((((((.(((((((((((((((.....))))........))))))))))).)))))))).)))))))))))...... (-34.8)