mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGCGCCAATATC AGAGAGCTGGTGATTGAGCC GAAGCCCACTGCCCACCATACCCAATATCAAAATCAACAACGTGAATTCTCTCAAACCCCTCAAAAGCCTCAAGAAGGGCTTGGTTACAAGTAAAATTTGCAAACTGAAGGATCGGTGAGATCTCAGAGAAGGATTTATAAGCACCAATCTTGAAAATCGGGTTATAAGCAGTACCAATAGAGTTGTTATTGTTCATATTGAGAAGTAATTGCAAGGCCTCCTTGAAGTAAAAAGCAGTCCTTTGATAAGGCTTACCGATTGGAACAGAGAGCTGGTGATTGAGCCGCGCCAATATC 12 2 5' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides pmrd 100 bdi-MIR171a 0.00000006 -62.2 .......(((((.......((((..................(..((((..((..((((......((((((......))))))))))...))...))))..).......(((((.((((((((((.......)))))).....)))).))))).......)))).....))))).(((((...((.((((((.(((.....))).)))))).)).((((((..(..(((............)))..)..))))))....)))))......(.((((((......)))).)))...... (-62.20)