mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCT AGAGCTTCCTTCAGCCCACTC AATGGTGGGAGAGAGCTTCCTTCAGCCCACTCATGGATAGGAGAAAGGGATTGAATTAGCTGCCGACTCATTCATTCAAGCACTAGTAGAAAAAAGTGGAATGGATATTCTTTTGCTACTGTGATTGTGTGAATGATGCGGGAGATAGTTTTACATCCCCTCTTTTTCTGTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTCCTTCTATTG 2 1 3' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides pmrd MIR159 4e-98 ptc-MIR319f 3e-98 -89.8 (((((.(((((.(((((((((((((.(((..((((((.(((((...(((((.((((((.((.(((..((((((((.(((.(((.(((((...(((..(((((....)))))))).)))))))).))).))))))))..))).)).))))))...))))))))))..))))))..))).))))))))))))))))))..))))). (-89.80)