mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATTCACGCACAAACTCG TGTTTTGTGCTTGAATCTAATT TTGTCATTAGAAGAGTCGTATTACATGTTTTGTGCTTGAATCTAATTCAACAGGCTTTATGTAAGAGATTCTTTAACAATTCCTATAATCTTTGTTGTTGGATTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGTCTTT 3 1 3' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides pmrd MIR403 2e-61 ath-MIR403 1e-72 -38.79 ...........((((.((.(((((..((((.((((.((((((((((((((((.((.....)).(((((((................)))))))..)))))))))))))))).))))))))..))))).)).)))) (-38.79)