mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGCCCCCTGGCCCGAAG TCTGCTGTGAGGAATGCCCCCTGGCCCGAAGCCATGTGCCTTTTCATGTCCACGTGGGGTAAACATTAAAGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGCACA 5 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd mir-166 2e-48 ppt-MIR166a 4e-53 -46.3 ..(((((.(.((((((...(((((.(((((((.((((....(..((((....))))..)...))))....))))))).)))))...)))))).).))))).. (-46.30)