mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGCCGTCTGGACCGGAG ACTTGGTGCAACATGGGACTTTATCGTGGGGAATGCCGTCTGGACCGGAGCTGTGTGTCCACTCTGCATCAAAGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCGAGGGAGTTTCATAGCAGTGCTAT 3 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd mir-166 1e-38 ppt-MIR166c 1e-65 -61.9 ...(((..(..((((..((((..(((.((((((((..((((((.((((((((.(((((.......))).)).)))))))).))))))..)))))))).)))..))))..))).)..)..))). (-61.90)