mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGATGATTGGACCGAAG CATATTAGTCATATGCGGCTTGTCCTTGGGGAATGATGATTGGACCGAAGTTTTTTAGCGTTGGTTTGCCCAATTAAAGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCGTAGAAGTTGCATGATGATGCAAT 4 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd mir-166 1e-41 ppt-MIR166d 1e-68 -54.6 .......((((((((((((((.(.(..(((((((((...((((.((((((((((.....(((((.....))))).)))))))))).))))...)))))))))..).).))))))))).)))))..... (-54.60)