mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGATTGACGCATGGCACGAAG CTTGGAGATTGGATGGGACTTTGTCGTGGGGATTGACGCATGGCACGAAGCTAACATCCTGAGATCAGTTGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTTGCCTAAGTTGCATCATGTAGTGCT 5 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd mir-166 6e-37 ppt-MIR166i 8e-64 -44.8 ...........((((.(((((.(.((.(((((.(((.((.(((..((((((.((((((....)))..)))))))))..))).)).))).))))).)).).))))).)))).......... (-44.80)