mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCGGACCAGGCTTCATTCCC GAATGACGTGTGGCCCGAAGC GAAGATGTTATATATATGTGACATTGCCGTGAGGAATGACGTGTGGCCCGAAGCCATATCTTGGGTTGCCTTGATGAAGCTCCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCGGCAGAGTTGCAACAAGTGGGAAAGGG 5 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd mir-166 7e-40 ppt-MIR166j 2e-70 -50.7 ................((..((.((((((.(.(((((((.((.(((.(((.(((..((((..((....))..))))..))).))).))).)).))))))).).)))))).))..))............... (-50.70)