mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCGGACCAGGCTTCATTCCC GAATGACGTATGGCCCGAAGC GAAGATGCTGGATGTGCCTTTGCCGTGAGGAATGACGTATGGCCCGAAGCTATCTCTTGGATGGCCTTGATGAAGCTCCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCGGCGGAGTTGCAAATGTGGACAC 5 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd mir-166 6e-28 ppt-MIR166k 1e-65 -49.4 .....(((((.((.(((((((((((.(.(((((((.((.(((.(((.((((.((((..((....))..)).)))))).))).))).)).))))))).).))))))))..))).)).))).)). (-49.40)