mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGACTGAAGGGAGCTCC AGCTCTTTTCAGTCCAGTAG GAGCTCTTTTCAGTCCAGTAGCAGCTAATGTCGAAGGTTGTACCGCTGCCGACTCAAACTTCCGGCTTCCATATCACGACGCGTGATATGGAATCCGAAGGTCTGATCCGGGAGCTGATCGATCTCCAGGTTAGCATCTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCT 2 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd MIR159 3e-86 ppt-MIR319b 1e-87 -83.7 ((((((((((((((((((.((..((((((.(.((.(((((....(((.(((..(((.((((.(((.((((((((((((...)))))))))))).))).)))).)))..))).)))....))))))).).))))))..)).)))))))))))))))))).. (-83.70)