mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGACTGAAGGGAGCTCCC GAGCTTCCTTCGGTTCAATAG TAACCTCACTGGCTGTGGGAGCTTCCTTCGGTTCAATAGTGGCTGATATGAGGTTGCACTGCTGCCGACTCAAACTTCCGGCTTCCCTCTCTTAGAATGGCAGGGAATCCGAATGTCTGATGCGGGAGCTGAGCGGTCTTCAACTCAGCTTCTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCATGTCTTTGTGGTTA 1 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd MIR159 4e-98 ppt-MIR319c 8e-105 -99.1 (((((.((..(((.((((((((((((((((((((((.((.((((((..(((((((((.(.(((.(((..(((.((...(((.((((((.((.......)).)))))).)))...)).)))..))).))).).)))).)))))..)))))).)).)))))))))))))))))))))))))..)).))))) (-99.10)