mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGACTGAAGGGAGCTCCC GAGCTTTCTTCGGTCCAATAG CAGCGTGGAGCTTTCTTCGGTCCAATAGTGGCTGAGTCGAAGGTTGTGCTGCTGCCGACTCAAACTTCCGGCTTCCCTATCCAACCCCTGGTATGGAATCCGAATGTCTGATACGGGAGCTGTTCAATCTCCGGCTTAGCATCTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCCGCTG 4 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd MIR159 3e-92 ppt-MIR319d 2e-93 -93.4 (((((.((((((..(((((((((((.((..(((((((((.((((((.((.(((.(((..(((.((...(((.((((.((.(((.....))))).)))).)))...)).)))..))).))).)).)))))).)))))))))..)).)))))))))))..)))))).))))) (-93.40)