mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGACTGAAGGGAGCTCCC GAGCTCCTTCCGGTTCAATAG CTAGCCGTGGGAGCTCCTTCCGGTTCAATAGTGGCTGATGTGAGGTTGCACTGCTGCCGATTCAAACTTCCGGCTTCCCTTTCTTAACACGACAGGGAATCCGAATGTCTGATGCGGGAGCTGTGCGGTCTTCAACTTTAGCGCCTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCAAGTCTT 2 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd MIR159 1e-94 ppt-MIR319e 7e-96 -86.1 .......((((((((((((.((((((((.((..(((((..(((((((((((.(((.(((..(((.((...(((.((((((.((.......)).)))))).)))...)).)))..))).))).)))))).)))))...)))))..)).)))))))).))))))))))))...... (-86.10)