mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCATCTTCCCTGTGC ATAGGCAGGGCAGCCAGTG ACAACCAGCACTGCACTGCATCTTCCCTGTGCCATCTTCGTCGATTGTCTCGTACCGAAAGTGATTCAACCACAGCGAGATCAGACTCAACTGTTAAAGCTGATGACACTGATACGAGATGATGAAGACATAGGCAGGGCAGCCAGTG 3 3 5' arm Physcomitrella_patens pmrd 100 ppt-MIR408 2e-80 -49 ........(((((..((((.(((..((((((...((((((((....((((((((.....((((..(((....((((.....(((......))).....)))).)))))))..)))))))))))))))))))))).))))))).))))) (-49.00)