mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTCCCTCAAAGGCTTCCA GAAGCCTCTGTGGGAGAGGA ATGTGTTGGAACTTGGGAAGCAGGTGCTTGATCCTCTCCCTCAAAGGCTTCCAACAGCATGAGCTAGTTTTAGTGTCTCAAATATTGTCTGTTGAGGCTAGCTCCTGTTCAGATCTGTTAGAAGCCTCTGTGGGAGAGGAGCAATCAGCTGCTGAGTGGCACCTCTGATC 3 0 5' arm Physcomitrella_patens pmrd MIR473 0.0000002 ppt-MIR477b 2e-93 -71.41 ..((((....((((....(((((.((.(((.(((((((((.((.(((((((.(((((((.((((((((((((..(...((.....))..)..)))))))))))).)).......))))).))))))).)).))))))))).))).)).))))))))).))))........ (-71.41)