mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAAGAGAGAGAGCACAGCCC GCTGTGCTCTCTCTTTTCCAG TTCAGCCGTACTACACCCAAGCCGGGATTCGAAGAGAGAGAGCACAGCCCGTAACTTTCACTAAAGACCACTTATTGTGGTTCATTGGAGATTTGATGTCGGGCTGTGCTCTCTCTTTTCCAGTCCCTACTCGGATGTGTCGCCATCAC 1 0 5' arm Physcomitrella_patens pmrd 100 ppt-MIR529b 5e-81 -71.2 ....(.((.((.(((.((.((..((((((.(((((((((((((((((((((((.(..((.((((.((((((.....))))))..)))).))...).)).))))))))))))))))))))).))))))..)).)).))))))).)..... (-71.20)