mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAAGAGAGAGAGCACAGCCC GCTGTGCTCTCTCTTTTCCAG TTCAGCTTTACTACATCCAAGCCAGGATTCGAAGAGAGAGAGCACAGCCCCGTTACTTTTGCTGAAAGAATACTTCCTGTGATCCATTGGGAATTTGATGTTGGGCTGTGCTCTCTCTTTTCCAGTCCCTACCTGGATGTGCTGCCATTGC 1 0 5' arm Physcomitrella_patens pmrd 100 ppt-MIR529c 3e-82 -65.7 ..((((......(((((((.(...(((((.(((((((((((((((((((((((((...((.(..(..((.(((.....))).))..)..).))..)))))..)))))))))))))))))))).)))))...).)))))))))))....... (-65.70)