mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCACAGTCTGCACAGCTCTC GAGCTGTTCAGACTCTGAGAG CAGCATCAGCTCAGGGGCAGTAGCATGGAGAGCTGTTCAGACTCTGAGAGAGGGGTGTGGAAAACATGTACTGTTGTATCGACACTCGTCGCTCACAGTCTGCACAGCTCTCTGTGTTGCTCCCTCTAATTGACTTCA 2 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd 100 ppt-MIR533d 2e-74 -71 .(((....))).(((((.((((((((((((((((((.((((((.((((.((.((((((.((.((((.....))))...)).)))))).)).)))).)))))).)))))))))))))))))).)))))........... (-71.00)