mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGTCCATTACAGTTGCATAC ATGCAACTTGTATGGACAGAGT GCACTCATGTATGCAACTTGTATGGACAGAGTGACTAGTCTAGTGTTCACGAGTGCCAATTTTTGGATGCCTTCTATTGCTGTGCTGGTCTGTGAGGCGGCGTAACTCCTTGTTTTGCAACAGTTGACAGTGCACAAAGTATATGTGTGGCTGGTGACGTGCGACGCATTGGGTAAGATCTATGTCTCTTCAGTGCGCGGGGAAGTTTGTCCGCCGACGGCATTCAGATTGCTAAACTAGACTCGTCAGTATGTCCATTACAGTTGCATACTTGTGTGG 1 2 3' arm Physcomitrella_patens pmrd 100 ppt-MIR534b 2e-158 -110 .(((.((.((((((((((.(((((((((.(.((((.((((((((((....(((((((......(((((..(((((.((((.(..((((.....((((((..((.((((..(((.(((((...(((..(((((((((.......))))).))))..))).))))).)))..))))...))...)))))).))))..))))))))))...))))).....))))))).....))...)))))))).)))).).)))))).))))))))))))).)).))). (-110.00)