mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAACGAGAGAGAGCACGC GTGCCCTCTCCCGCTGTCGC GTGACAACGAGAGAGAGCACGCTGGAATGCACTCTTGTAAGAAGCATGGGTATGTTCTTGTGTGCCCTCTCCCGCTGTCGC 3 0 5' arm Physcomitrella_patens pmrd MIR535 2e-39 ppt-MIR535b 9e-41 -40.6 ((((((.((.(((((.((((((.(((((..((((.(((.....))).))))..))))).)))))).))))).)).)))))) (-40.60)